Hahnemann wurde als drittes Kind von Christian Gottfried Hahnemann und seiner zweiten Frau Johanna Christiane Spieß geboren. Sein Vater war Porzellanmaler in der berühmten Meißener Porzellanmanufaktur.

Samuel Hahnemann besuchte die Meißener Stadtschule und bekam danach ein Stipendium an der Fürstenschule St. Afra in Meißen. Nach dem Schulabschluss begann er 1775 ein Medizinstudium in Leipzig. Seinen Lebensunterhalt verdiente er in dieser Zeit mit Sprachunterricht und mit Übersetzungen physiologischer und medizinischer Werke ins Deutsche. Bald wechselte Hahnemann für ein Dreivierteljahr an die Wiener Universität, wo er bei dem Medizinprofessor und ärztlichen Direktor des Spitals der Barmherzigen Brüder Joseph Freiherr von Quarin Unterricht am Krankenbett und bei Visiten erhielt, bis ihm das Geld ausging.

Im Oktober 1777 bot ihm Freiherr Samuel von Brukenthal, eben von Kaiserin Maria Theresia zu ihrem Statthalter in Siebenbürgen ernannt, eine Stelle als Bibliothekar und Leibarzt an. Hahnemann begleitete ihn nach Hermannstadt und blieb dort knapp zwei Jahre lang. Er hat dort offenbar zahlreiche Fälle von Wechselfieber (Malaria) gesehen, es gibt auch Hinweise darauf, dass er selbst daran erkrankt ist (was für seinen Chinarindenversuch von Bedeutung ist). Danach schloss Hahnemann sein Medizinstudium in Erlangen ab, und zwar im August 1779 mit der Promotion.

In den Folgejahren praktizierte er als Arzt, Chemiker, Übersetzer und Schriftsteller in vielen nord- und mitteldeutschen Städten - mit wechselndem Erfolg. Zeitweise gab er seine ärztliche Praxis völlig auf, "weil sie mir mehr Aufwand gekostet, als Einnahme gebracht, und gewöhnlich mich mit Undank belohnt hat" (Brief vom 29. August 1791, zit. nach Jütte, S. 48), und widmete sich ganz chemischen Versuchen, Übersetzungen und Publikationen. Zu anderen Zeiten wiederum hatte er so viele Patienten, dass er kaum mit der Versorgung nachkam: "Fast hätte ich nicht schreiben können, weil ich in den wenigen Wochen, die ich in Eilenburg wohne, schon so mit Kunden gesegnet bin, dass ich oft nicht essen kann" (Brief vom 18. September 1801, zit. nach Jütte, S. 74). Seine psychotherapeutischen, chemischen und schriftstellerischen Aktivitäten brachten ebenfalls recht wechselhafte Resultate, wie unten deutlich wird.

Die Gründe für Hahnemanns unstetes Umherziehen dürften vielfältig sein. Anthony Campbell fasst sie wohl treffend so zusammen: "...wurde weitergetrieben durch seinen ruhelosen Geist und die Notwendigkeit, einen Lebensunterhalt zu erwirtschaften...". Es war für einen unbemittelten freischaffenden Geistesarbeiter wie Hahnemann nicht leicht, sich und bald auch seine schnell wachsende Familie zu ernähren; andererseits gehört ein ausgeprägter Ehrgeiz, welcher ihn zu diversen Experimenten trieb (vgl. etwa den Aufenthalt in Altona), ganz sicher zu Hahnemanns Charaktereigenschaften. Schließlich gab es oftmals Streit, besonders häufig mit Apothekern, wegen Hahnemanns "interdisziplinärer" Tätigkeit als Chemiker bzw. Pharmazeut und Arzt (der Leipziger Dispensierstreit, s.u., ist nur eines von vielen Beispielen).

Anfänge der Homöopathie

1789 zog Hahnemann mit Frau und mittlerweile drei Kindern nach Lockwitz, später nach Leipzig und dann in den Leipziger Vorort Stötteritz. Dort übersetzte er 1790 die zweibändige Arzneimittellehre des Schotten William Cullen, eines damals sehr bekannten Mediziners, des Lehrers von John Brown, dem Begründer des populären Brownianismus. Diese Übersetzung enthält eine Fußnote, die als die erste Spur der Homöopathie betrachtet werden kann. Hahnemann kritisierte darin, dass Cullen die bekannte Wirkung der Chinarinde bei Malaria („Wechselfieber“) auf deren magenstärkende Eigenschaften zurückführte. Und er gab einen Bericht über einen von ihm vorgenommenen wiederholten Selbstversuch mit der Chinarinde, die nach seinen Angaben bei ihm „alle mir sonst beim Wechselfieber gewöhnlichen Symptomen“ hervorrief – „doch ohne eigentlichen Fieberschauder“. Er formulierte, zunächst sehr vorsichtig, die Vermutung, dass diese Fähigkeit, vergleichbare Symptome hervorzurufen, für die Heilwirkung der Chinarinde bei Malaria verantwortlich sein könnte.

1796 erschien sein erster Aufsatz über das Heilprinzip, das später das homöopathische heißen sollte, in Hufelands "Journal der practischen Arzneykunde und Wundarzneykunst“: „Versuch über ein neues Princip zur Auffindung der Heilkräfte der Arzneysubstanzen, nebst einigen Blicken auf die bisherigen“. In diesem Beitrag formulierte Hahnemann das Prinzip, „Ähnliches mit Ähnlichem“ (similia similibus) zu heilen, und versuchte es mit einer ganzen Reihe empirischer Beobachtungen abzustützen, u.a. mit weiteren Selbstversuchen, Vergiftungsberichten, Lesefrüchten und eigenen und fremden Heilungsgeschichten, die durch das Simileprinzip erklärt werden.

Die Begründung der Homöopathie als heilkundliches System

Hahnemann begann nun auch immer kleinere Dosen zu verwenden, was er in einem Aufsatz „Ueber die Kraft kleiner Gaben der Arzneien überhaupt und der Belladonna insbesondere“ in Hufelands "Journal der practischen Arzneykunde“ begründete. 1805 ließ er sich endlich für einige Jahre in Torgau nieder. In diese Zeit fällt ein Aufsatz von Hahnemann, ebenfalls in Hufelands Zeitschrift, der erstmals den Begriff "homöopathisch" einführt: "Fingerzeige auf den homöopathischen Gebrauch der Arzneien in der bisherigen Praxis". Vor allem aber erschienen dort zwei Schriften, die deutlich machten, dass er seine Selbst- und wahrscheinlich auch Fremdversuchspraxis in den letzten Jahren konsequent fortgesetzt hatte: die lateinische Arzneimittellehre „Fragmenta de viribus medicamentorum positivis sive in sano corpore observatis“ (Fragmente zu den gesicherten Arzneikräften oder auch denjenigen, die am gesunden Körper beobachtet wurden) und das Buch „Heilkunde der Erfahrung“, die erste Gesamtdarstellung des neuen Heilprinzips. 1810 schließlich veröffentlichte Hahnemann die erste Auflage seines Grundlagenwerks zur Homöopathie, damals noch unter dem Titel „Organon der rationellen Heilkunde“ (spätere Auflagen tragen den Titel „Organon der Heilkunst“). Dieses Werk enthielt bereits alle Wesenszüge der Homöopathie, wurde aber in den kommenden Jahren noch erheblich überarbeitet und ergänzt. Es ist bis heute das theoretische Werk der Homöopathie geblieben.

Das „Organon“ wirkte, auch wegen der in ihm enthaltenen scharfen Polemik, sofort deutlich polarisierend. Hahnemann wurde nun als Haupt einer neuen Schule angesehen. 1811 folgte das erste große Werk, das sein Programm der Prüfung von Arzneimitteln an Gesunden umsetzte, nämlich der erste Band der „Reinen Arzneimittellehre“ (die es später auf sechs Bände bringen sollte) mit im Experiment an Gesunden (vor allem an sich selbst, seiner Familie und seinen Schülern) herausgefundenen „reinen Arzneiwirkungen“ sowie zahlreichen Literaturzitaten. Ein solches experimentell begründetes Werk kann als für die damalige Zeit einzigartig gelten.